同年秋天,由于终麟阁的十一师在甘肃剿匪不力,冯玉祥任命吉鸿昌为三十师师长,赴甘剿匪。越年夏天,吉鸿昌率部在平定甘肃匪乱之后进入宁夏。当时宁夏政局混乱,为稳定形势,冯玉祥委任吉鸿昌为宁夏省主席。蒋介石得知此事,想要拉拢吉鸿昌,用飞机给他空投了一份“第九路军总指挥”的委任状。吉鸿昌把委任状撕毁,气愤地说:“蒋介石和我们算是哪一门子亲戚?”
吉鸿昌就任宁夏省主席后,决心为民兴利革弊。他在自己的像片上亲笔写下:“公正纯洁,为做事而做官,训练民众,使知四权运用,政治注重下层,工作适合一般民众需要。”他首先整顿军队,把原咚麟阁的第十一师和门致中的第七军合编为第十军,自任军长。为除掉吏治黑暗,他组织了考察队分赴各县考察。他还特别重视推行回汉合作的民族政策,派出大批政工人员,到各乡回民聚居地召开群众大会,宣传只分良蔫,不分回汉的道理,号召回汉两族人民团结起来;还召集回教代表开会,与代表合影留念。