林则徐知道列强不会就此罢休,着手加强和改善沿海一带的防御力量,并专门派人从外国秘购200多门新式大炮配置在海口炮台上。不久,鸦片战争爆发,英国军舰进犯广州,见海防严密,无法得逞,就改攻浙江,陷定海,不久北侵攻占了大沽。京师震恐,道光帝慌忙和英国议和。
林则徐抗英有功,却遭投降派诬陷。道光帝为了向英国人交代,只好把林则徐革职查办,“从重发往伊犁,效力赎罪。”道光二十一年(1841年)7月14日,林则徐忍辱负重,踏上戌途。在贬戌途中,林则徐仍忧国忧民,并没有因为远放新疆而唏嘘,更没有因为个人命运的坎坷而心生怨愤。同妻子在西安告别时,林则徐写下了“苟利国家生死以,岂因祸福避趋之”的诗句,激励自己。
到了新疆之后,林则徐并没有因此而意志消沉。他不顾年高体衰,踏遍了新疆各地,实地勘察了南疆八个城镇,加深了对西北边防重要性的认识。林则徐从当时翻译的资料中认识到沙俄对中国的威胁,于是他向伊犁将军布彦泰提出“屯田耕战”,巩固边防的政策,严密提防沙俄。林则徐的远见卓识,已被后来的历史所证实。