此后，陆续有鸦片船由福建、南澳等处驶至虎门口外缴烟。其中由南澳驶来的三船，共交烟土1067箱又510袋；由福建驶来的三船，共交烟土2204箱又57袋。至5月18日，收缴烟土工作始克告竣。当天，林则徐等上奏道光帝，报告称：合计前后所收夷人鸦片，共19187箱，又2119袋，核之义律原禀应缴20283箱之数，更溢收1000袋有零。5月9日，义律在给邓廷桢的照会中称：“澳门总督从英尼斯先生那里拿获并已送交参逊以便交付给贵国官员的那八箱鸦片，不包括在原来的二万零二百八十三箱鸦片之内。现在将交付的全部鸦片数量为二万零二百九十一箱。”
鸦片收缴以后，如何处置？4月12日，林则徐在向道光帝上奏报告外商愿意尽数呈缴20283箱鸦片时曾建议：“夷人呈缴鸦片如此之多，事属创见，自应派委文武大员将原箱解京验明，再行烧毁，以征实在。"5月2日，道光帝谕令表示同意。5月8日，浙江道监察御史邓瀛上奏，认为所收缴烟土应该就地销毁，不宜解京。因为，此次收缴烟土数目太大，“每箱用夫二人，计须四万余人，广东、江西水路须用船只，其船稍大者不过装百余箱，计须雇民船百余号，用水手一二千人；安徽以北，俱用车载，每车装十余箱，计须大车千余辆，用民夫千余人，骡马五六千头”，此项舟车民夫，耗费太大，不值得以国有用之财，糜之于无用之物。而且，“此物最易于偷换”，远途输运，流弊很多，到京之后，即便以大员查验，亦只能核其多寡，而不能辨其真伪。因此，他建议道光帝饬令林则徐等人，“将起获烟土毋庸解京，俟收缴完竣，即在该处督率员弁，公同查核，目击销毁，以省解运之烦，而早除一日，即可免一日之患。且使沿海居民及夷人等眼见销毁情形，咸晓然于圣天子除恶务尽之至意，益当震慑畏服，不敢复萌故智矣。”道光帝接受了他的建议，次日即传谕林则徐等人，所起获烟土，毋庸解京，“即交由林则徐、邓廷桢、怡良等于收缴完竣后，即在该处督率文武员弁，公同查核，目击销毁，俾沿海居民及在粤夷人共见共闻，咸知震詟。”