同年秋天，由于终麟阁的十一师在甘肃剿匪不力，冯玉祥任命吉鸿昌为三十师师长，赴甘剿匪。越年夏天，吉鸿昌率部在平定甘肃匪乱之后进入宁夏。当时宁夏政局混乱，为稳定形势，冯玉祥委任吉鸿昌为宁夏省主席。蒋介石得知此事，想要拉拢吉鸿昌，用飞机给他空投了一份“第九路军总指挥”的委任状。吉鸿昌把委任状撕毁，气愤地说：“蒋介石和我们算是哪一门子亲戚？”
吉鸿昌就任宁夏省主席后，决心为民兴利革弊。他在自己的像片上亲笔写下：“公正纯洁，为做事而做官，训练民众，使知四权运用，政治注重下层，工作适合一般民众需要。”他首先整顿军队，把原咚麟阁的第十一师和门致中的第七军合编为第十军，自任军长。为除掉吏治黑暗，他组织了考察队分赴各县考察。他还特别重视推行回汉合作的民族政策，派出大批政工人员，到各乡回民聚居地召开群众大会，宣传只分良蔫，不分回汉的道理，号召回汉两族人民团结起来；还召集回教代表开会，与代表合影留念。