在其《书虚》《变虚》《异虚》《感虚》《福虚》《龙虚》《雷虚》《道虚》八篇中，对于灾异、祸福、吉凶之说，指摘其虚妄多端；在《论死》《死伪》《订鬼》诸篇中，排斥灵魂不灭的见解；在《讥日》《卜筮》《辨祟》《难岁》等篇中，排斥一般世俗的迷信；在《讲瑞》《指瑞》《是应》等篇中，论不能有瑞兆；更在《语增》《儒增》《艺增》三篇中，实证文献中的妄增窜加，遂在《非韩》中非难韩非，在《谈天》《说日》中，非难邹衍及天文家之说，在《问孔》《刺孟》中，说明孔孟之说亦有矛盾，亦可讥刺。全书都尝试着打破迷信，在这些地方，见到王充是继承扬雄、桓谭的遗绪，更推演了的。
但在《论衡》中，纵横无尽地试其破邪的锐锋，这在比较上，觉得显正的方面略有欠缺。他在《自然》篇中说，一切现象，都是从天的行动而发生的，这行动便是自然。所谓自然，是没有意志而能动的意思，亦可称之无为。在人类中，至德纯渥的人，禀天气多，所以能则效天之自然无为，禀气薄小者，不似天地，所以称之为不肖之人，所为不肖便是不似天地之无为，而是有为。贤之纯者乃黄帝、老子，他们操身恬淡无心于为而物自在，无意于生而物自生。在《易》中说：“黄帝、尧、舜垂衣裳而天下治。”在《论语》中说：“大哉，尧之为君也！巍巍乎！惟天为大，惟尧则之。”便是这个意思。（《论衡·自然》篇）由此观之，可以知道，王充与扬雄一样，皆采取黄老之自然因循主义。相信因循自然为绝对的，他对于人类的道德及修养的过程讲得很简略，他以为人性中有善恶高下的差别，也是自然。彼在《本性》篇，列述世硕、公孙尼子、孟子、告子、荀子、董仲舒、刘向、扬雄等之性说，最后说：“自孟子以下，至刘子政，鸿儒博生，闻见多矣……邓文茂记，繁如荣华；诙谐剧谈，甘如饴蜜，未必得实。实者，人性有善有恶，犹人才有高有下也……孟轲言人性善者，中人以上者也；孙卿言人性恶者，中人以下者也；扬雄言人性善恶混者，中人也。”他以为人性是不能变易的。（《本性》篇）